如何提取图像中体素的ReHo ALFF

Submitted by lwz110911 on Tue, 11/06/2012 - 12:55

 大家好：
                                     
   例如这幅图，我想把体素的坐标、体素值（ReHo，ALFF）给提取出来。最重要的是在rest中clusters report提供的报告中不是也列出了一部分体素么，我最关心的是如何把上面的体素给找到。可是我的老师给我提出了一种方法，就是代价比较大（把整个图片的体素值都提取出来，还要进行坐标上的转换）我感觉比较繁琐。请问有没有好的方法、建议。
                            谢谢大家了

Forums:

YAN Chao-Gan

Wed, 11/07/2012 - 17:04

你好！

没有太理解你的问题。你是要知道每个体素的坐标值以及体素值（如ReHo值）吗？如果是提取这样的海量信息的话，你老师的建议（把整个图片的体素值都提取出来，还要进行坐标上的转换）应该是最好的方法了。

lwz110911

Thu, 11/08/2012 - 01:47

谢谢严老师的回复!
          在rest软件slice viewer中不是有个cluster report报表么，它会统计出一些体素个数和脑区位置。我想找出这些体素的坐标和体素值（如ReHo）毕竟它相对于把整个图片的体素值提取出来要简单的多。

YAN Chao-Gan

Thu, 11/08/2012 - 16:29

Cluster report 本身会报告peak点的坐标。

如果非需要整个cluster的所有坐标（也会有非常多值），可以写一点程序实现。不知道你对写程序掌握多少，基本思路如下：
1. Save cluster
2. 找出所有为1的体素的voxel index I J K
3. Head.mat * [I J K 1]可以得到MNI坐标值

lwz110911

Sat, 11/10/2012 - 02:27

谢谢严老师的回复，对于编程我不太在行。今天在网上看到说在matlab中有BV工具包可以实现。   最后还是谢谢您的解答！