BA分区与标准化坐标分区问题

Submitted by hanyang on Thu, 05/10/2012 - 10:13

老师，您好！我的大论文的盲评专家提的意见看不懂，不晓得什么意思，请教老师。
表6的研究结果中，阐述了艾灸前后ReHo值变化的脑区，采用了BA分区，但是在实验方法中却没有提及如何对FMRI扫描获得的功能磁共振图像进行标准化的坐标化分区

                      表6艾灸后与艾灸前配对t检验结果                                     

Table 6 Results of paired t-test for ReHo after acupuncture and before acupuncture                    
 簇体积 存在差异的脑区   BA分区 峰值体素的t值 峰值体素的MNI坐标
（x，y，z）   
Reho值显著升高脑区                                                                                 
176        右侧颞上回           38          7.7385               34,13，-28                         
124        右侧额中回            9          7.1159                51,18,35                  
122        左侧颞中回           21          6.6718               -57，-55,0                
111      左侧额内侧回            8          5.4544               -4,48,39                   
102      左侧中央前回            4           6.314               -34，-24,62                  
97         左侧扣带回           32          8.2169               -1,23,36                  
93       右侧前扣带回           24          5.2856                12,29,7                     
87       右侧中央后回            3          5.8756                41，-27,60                  
Reho值显著降低脑区                                                                                
175          右侧丘脑            -         -7.9619                12，-31,17                  
158          左侧中脑            -         -4.7081               -15，-12，-3                                  
125          左侧枕叶           19         -7.8638               -12，-102，6                     
109          右侧楔叶           18         -6.6596                18，-100,3                      
90          左侧丘脑            -         -5.7256               -11，-24，21                     
注：P<0.05；AlphaSim校正；BA即Brodmann area，布罗德曼分区。       
 
 

1.3方法  

1.3.1艾灸方法
选取关元穴[20]进行艾灸操作。事先向病人讲明，艾灸以皮肤有温热感而不烫为度，艾灸过程中患者根据自身情况要求医师调整灸条高度。艾灸时嘱患者仰卧位，暴露关元穴，将点燃的无烟灸条（规格：￠30mm×120mm，厂家:南阳汉方艾业有限公司），与关元穴上方距皮肤约5cm处行温和灸5min，以局部皮肤有温热感为度。艾灸过程中尽量避免与患者对话，以使其感受艾灸时经络感传情况，艾灸结束后立即进行静息态功能磁共振扫描。所有患者的艾灸操作均由同一位有临床经验的艾灸医师执行。
1.3.2静息态fMRI扫描方法 
fMRI数据均在重庆医科大学附属第一医院放射科GE3.0T磁共振成像仪（型号：Sign HD×3.0T,美国通用电气公司产品）上采集。扫描前，瞩受试者平躺于扫描台上。头部摆放于舒适的位置，予泡沫垫固定以减少头动，使用橡皮耳塞塞住耳孔降低噪音，瞩受试者清醒、闭眼、平静呼吸，尽量避免系统性地思考问题，待受试者熟悉环境后开始扫描。扫描结束时询问患者是否睡着，若患者给予肯定或者模糊回答，排除该患者。
1.3.3数据采集
1.脑fMRI结构像扫描 采用梯度回波序列3D-T1 W1，重复时间/回波延时时间（TR/TE）=11.952ms/5.052ms，反转角(FA)=15°，层数=248层，层厚/层间距=1.2mm/0mm，视野(FOV)=240 mm×240mm，矩阵(Matrix)=64×64，分辨率=1mm×1mm×1mm，对无脑结构异常者进行静息态fMRI功能像扫描。  
2.艾灸治疗前静息态fMRI功能像扫描。采用平面回波成像（Echo-planar imaging，EPI）序列，TR/TE=2000/40ms，FOV=240mm×240mm，Matrix=64×64，FA=90°，层厚/层间距=4mm/lmm，体素大小（Voxel size）=3.75×3.75×4，层数=33层，扫描时间=8min。   
3.扫描结束后立即艾灸关元穴5min。
4.艾灸治疗后立即进行第二次静息态fMRI功能像扫描，参数同治疗前静息态fMRI功能像扫描。      
1.3.4 数据预处理及ReHo分析
采用北京师范大学心理研究所编制的静息态功能磁共振数据处理工具包DPARSF (Data Processing Assistant for Resting-Sate FMRI，YAN Chao-Gan,http://www.restfmri.net)在MATLAB7.10上进行数据预处理。步骤如下：① DICOM数据转换成NIfTI格式。② 去除功能像前10个TR，以排除扫描开始时受试者不适应及磁场不均匀对结果造成的影响。③ 层时间校准，以校正隔层扫描致使的层与层所获得时间的不同，使同一个TR中的各层获得时间一致。④ 头动校正，去除各个方向平动>1mm和（或）转动>1°的数据，以减少因被试者头动引入到图像信号中的伪影。⑤ 空间标准化，对经层时间校准及头动校准后的fMRI图像进行空间标准化处理，将图像统一到标准脑上，功能像数据重采样为3mm×3mm×3mm。⑥去线性飘移，以去除由于接收线圈前置放大器引起的热噪声所带来的基线漂移。⑦带通滤波（0.01Hz-0.08Hz），以去掉呼吸、心跳等因素产生的生理噪声和低频漂移。
    预处理结束后进行ReHo分析。利用REST软件（Resting-state fMRI data analysis toolkit，脑功能数据处理软件）完成。首先，计算出全脑的每个体素与周围相邻26个体素它们在时间序列上的一致性，并得到该体素的肯德尔和谐系数(KCC， Kendall’s coefficient of concordance)；然后，全脑每个体素的肯德尔和谐系数值除以全脑所有体素的肯德尔和谐系数值的均值，得到标准化的ReHo图。最后，对ReHo图进行平滑处理。以一个半高全宽为4mm的，各向同性的高斯核进行卷积处理，提高图像信噪比。
1.2.5 统计分析

利用REST软件对进行高斯平滑后的ReHo图进行统计分析。艾灸前、后的ReHo值组内比较采用单样本t检验，每个簇块体积阈值（Cluster）大于18个连续体素，单体素阈值P<0.01(校正后)的脑区定义为差异有统计学意义的区域；艾灸前后的ReHo值组间差异比较采用配对t检验，每个簇块体积阈值（Cluster）大于85个连续体素，单体素阈值P<0.05（校正后）的脑区定义为差异有统计学意义的区域。利用Rest Slice Viewer软件进行多重比较校正并获取图像，查看MNI坐标所对应区的具体解剖位置，呈现结果。

Forums:

ZangYF

Fri, 05/11/2012 - 13:34

“表6的研究结果中，阐述了艾灸前后ReHo值变化的脑区，采用了BA分区，但是在实验方法中却没有提及如何对FMRI扫描获得的功能磁共振图像进行标准化的坐标化分区”。你是说，这是评审专家提出的问题？如果是，评审专家可能不太了解BA分区或者不太了解voxel-by-voxel比较之后，如何汇报结果。我认为你的方法的描述以及列出的表格非常详细，应该不需要再做什么大的修改。但表格第一栏“体积”部分，应该注明单位（体素数目？如果是，体素大小？）。

hanyang

Sat, 05/12/2012 - 16:25

非常感谢臧老师，谢谢！