图像由Talairach空间怎么变换到MNI空间

Submitted by 06170323 on Sun, 10/23/2011 - 15:07

各位论坛版主
你们好！
请教你们一个图像空间变换的问题，我现在有一批数据，这批数据都是Talairach空间下的，而我现在想把AAL模板用到这组数据上，所以要对这批数据做一个空间变换，把它们由Talairach空间变到MNI空间。我查了很多坐标变换的软件，都只能对你输入的坐标做一个变换，而我现在要变换是整个图像数据，请教下你们用什么软件可以实现？REST可以做吗？打扰你们了，非常感谢！！

Forums:

ZHANG_RESTadmin

Mon, 10/24/2011 - 07:09

你可以将你这批图像与mni空间下的标准模板进行一次配准，从而实现将空间变为mni标准空间。
如果你所有图像都在tal空间，理论上只需要配准一副图像，得到配准参数，然后将其应用到其他所有图像上即可。
这些操作，可以只用spm就可以实现。dparsf也可以实现单独配准。

06170323

Mon, 10/24/2011 - 13:12

谢谢臧老师指导，谢谢！

ZHANG_RESTadmin

Mon, 10/24/2011 - 13:59

我是张寒，另外一个管理员。

06170323

Tue, 10/25/2011 - 02:37

谢谢张寒老师！11月去听你杭州的培训班，能透露下你要讲什么吗？

ZangYF

Tue, 10/25/2011 - 07:42

我建议就当没有发生过TT配准过程，将每一个个体的图像重新配准到MNI空间。当然，如果有明显的局部病变的话，比较麻烦。

YAN Chao-Gan

Tue, 10/25/2011 - 19:21

可能你将AAL变到Tal空间会比较方便一些。你既然能处理Tal空间的数据，我假定你对这一步应该会比较熟悉。
http://restfmri.net/forum/Programs_YAN#comment-674 可能对你有些帮助。
e.g.:
4. Use AFNI to manually normalize the structural .HEAD/BRIK into talairach coordinate system. Then use 'Define Datamode'->'Warp Ulay on Demand' to save and resample the structural .HEAD/BRIK and functional .HEAD/BRIK into '+tlrc.HEAD/BRIK' files in talairach space.

ELEA Hsieh

Wed, 10/26/2011 - 05:11

想順帶問個問題

我圖像的模版並非Talairach 也並非是 常用的MNI152
來自於 http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesAtlases/NIHPD-obj1
Asymmetric (natural) templates 4.5~18.5的MNI模板

我在使用REST - slice viewer 時
標記 voxel 時的座標是

這個模版本身的 X,Y,Z 座標
還是
轉換到 Talairach or MNI 的座標

會有這個問題是因為AFNI上有一個 jump to MNI 的功能
有一個自動轉換的行為

不知道 REST 是 ?