结构MRI图像数据处理：有关ROI signal Extractor的问题。

Submitted by Fly2themoon on Thu, 08/18/2016 - 02:42
我目前做的一个项目是某种大脑疾病的辅助诊断，对象是结构MRI图像。我现在在用DPABI对分割后的灰质图像提取ROI signals值。
我一直没有找到有关ROI signal Extractor的解释。我的理解：比如说我选择了AAL模板（灰质图像大小为121X145X121，体素大小1.5X1.5X1.5；AAL模板为181X217X181，体素大小1X1X1。我先用Image Reslicer把灰质图像变得和模板一样大小。不知道这一步对不对？），最后得到的116个脑区的值（数值范围都是0~1）是否是每个脑区的像素值的叠加？还是说这116个值有别的含义呢？

Forums:

YAN Chao-Gan

Wed, 08/24/2016 - 09:11

要先Reslice。

是灰质图像在某AAL脑区内的均值。

Fly2themoon

Wed, 08/24/2016 - 09:15

嗯嗯。谢谢严老师。那我的理解就是：因为这个灰质图像是modulation之后的，所以说，得到的AAL模板下的每个被试的116个脑区的均值可以表示灰质的volume信息？而没有经过modulation的灰质图像得到的就是density信息？同理，我也可以得到AAL模板下白质的这些信息？

YAN Chao-Gan

Tue, 08/30/2016 - 01:40

You are right.

Fly2themoon

Fri, 09/02/2016 - 09:41

Thank you for your reply, I really appreciate that  .

Now , I wanna ask another question?

How do we get the values of every 116 regions of the GM volume map, is this related to the DPABI algorithm ?

I just wanna know the meaning behind these 0~1 values .

Thank again for your reply. 

Good Luck

YAN Chao-Gan

Fri, 09/02/2016 - 23:23

If you want to get the mean value for each of the 116 regions, just use the ROI Signals Extractor.

Fly2themoon

Sat, 09/03/2016 - 03:39

Thank you for your reply.

Maybe I didn't express clearly.

now i know the 116 values (between 0~1) from ROI Signals Extractor shows the mean value of each 116 regions. but if i don't know how to  explain the meaning of the size of number . just like 0.3 means smaller GM volume? or 0.5 means   a little bigger GM volume?

Thanke you again.

Fly2themoon

Mon, 09/05/2016 - 01:06

严老师，您好。

首先，非常感谢您们团队的辛勤努力，dpabi帮助了我很多。

我觉得，是否可以在每个模块里加一个help按钮呢？这样的话，方便大家了解该功能的作用。您比如说，这个Utilities里的ROI Signals Extractor功能，进入它的界面后，可以加一个help按钮，help里可以先介绍下这个ROI Signals Extractor的大概功能，然后介绍该界面一些按钮输入的一些参数等。

这是我的一点建议。谢谢。

YAN Chao-Gan

Sat, 09/10/2016 - 01:15

We are setting up a wiki (http://wiki.rfmri.org).

Please contribute your knowledge to the wiki (every member of rfmri.org can edit).

Fly2themoon

Sat, 09/10/2016 - 01:27

yeah, i'd like to help but now i'm a newbi.haaaa

and this is a former questions, maybe i don't express clearly...

now i know the 116 values (between 0~1) from ROI Signals Extractor shows the mean value of each 116 regions. but if i don't know how to  explain the meaning of the size of number . just like 0.3 means smaller GM volume? or 0.5 means   a little bigger GM volume?

and the most important question: why these values could show GM volume ? is this related to the VBM ? 

YAN Chao-Gan

Sat, 09/10/2016 - 01:59

For interpretation, you have to read more literature (e.g., on VBM).

Fly2themoon

Sun, 09/11/2016 - 06:55

Okay, That's a good answer, thank you .

Fly2themoon

Tue, 10/25/2016 - 08:56

严老师，

您好，

最近我的课题出了点问题，我在排查错误，最后觉得可能是提取到的数据的问题。

是这样的：我的Matlab程序的输入数据，基于的就是提取出的这116个数值。您说这116个数值是AAL模板下灰质在每个脑区的平均值。平均值是说：我把这个脑区里每个体素的值（灰度值）都加起来，然后求平均？另外，还想请教下，我是否可以得到每个脑区的值的总和，如何得到呢？

最后一个问题：还想跟您确认下，对于灰质图像，modulation之前的灰质图像代表了density信息，所以此时用AAL模板得到的就是116个脑区的density信息；同理，modulation之后的灰质图像，我提取的116个数值是volume信息？

Fly2themoon

Sat, 11/05/2016 - 03:03

严老师，

您好，

最近我的课题出了点问题，我在排查错误，最后觉得可能是提取到的数据的问题。

是这样的：我的Matlab程序的输入数据，基于的就是提取出的这116个数值。您说这116个数值是AAL模板下灰质在每个脑区的平均值。平均值是说：我把这个脑区里每个体素的值（灰度值）都加起来，然后求平均？另外，还想请教下，我是否可以得到每个脑区的值的总和，如何得到呢？我想，应该是有相关函数的，不过我没有找到。

所以，很想请教下严老师和大家以上几个问题。

YAN Chao-Gan

Sat, 01/07/2017 - 01:20

研究函数，把mean改为sum